Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι "τρομοκράτες" δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας...

Σε μια ουτοπική κοινωνία που δημιουργήθηκε στο τέλος του τρίτου παγκόσμιου πολέμου, μια γυναίκα πολεμίστρια που έχει ανασυρθεί από τoυς ερημότοπους αρχίζει να βλέπει ρωγμές σε αυτή τη νέα πρόσοψη. Και τι έχει σχεδιάσει αυτή η κοινότητα για την υπόλοιπη ανθρωπότητα;...