Kάποιος με τη μορφή του Naruto εμφανίζεται απ’ το πουθενά και σκοτώνει αθώους. Η Konoha κατηγορεί τον Naruto στέλνοντάς τον στην απόμακρη φυλακή του Κάστρου Houzuki. Προσπαθώντας απεγνωσμένα να το σκάσει ανακαλύπτει πως αυτή η φυλακή κρύβει ένα τρομερό μυστικό ικανό να καταστρέψει τον κόσμο....

Η Konoha δέχεται ξαφνική επίθεση από μία μυστηριώδης ομάδα ninja, αφήνοντάς τη για άλλη μία φορά στην ιστορία της κατεστραμμένη. Αυτό το συμβάν ίσως να επαναλάβει τον τραγικό πόλεμο των ninja που ξέσπασε πολλά χρόνια πριν. Στο μεταξύ, ο Naruto καταβάλλοντας προσπάθειες για την αποκατάσταση του χωριού, συναντάει τον Sasuke σε μία άγνωστη περιοχή...

Όλοι οι νίντζα Kekkei Genkai εξαφανίζονται. Μετά από διαταγή της Tsunade o Kakashi σκοπεύει να θυσιαστεί για να σταματήσει την καταστροφή. Ο Naruto προσπαθεί να τον αποτρέψει αλλά κανείς δεν μπορεί να το αλλάξει....

Ο κόσμος πάει να καταστραφεί ξανά από δαίμονες και ο μόνος που μπορεί να τον σώσει είναι η Shion από τον κόσμο των δαιμόνων που κατέχει δύο ιδιότητες, τη δύναμη να φυλακίζει δαίμονες και να προβλέπει τον θάνατο των ανθρώπων. Η αποστολή του Naruto αυτήν τη φορά είναι να προστατεύσει τη Shion καθώς πηγαίνει στο κέντρο της απειλής για να εμποδίσει...

Ολόκληρη η 1η Σεζόν Πρόκειται για την συνέχεια της πολυαγαπημένης σειράς Naruto. Το Naruto Shippuuden διαδραματίζεται όταν πια η γενιά του Naruto έχει ωριμάσει. Μετά από εκπαίδευση δυόμιση χρόνων με τον Jiraiya, ο Uzumaki Naruto, 15 χρονών πλέον επιστρέφει στην Konoha, ενώνεται με τους φίλους που άφησε πίσω και επανασυγκροτεί την Ομάδα 7, με μόνη...

O Naruto τίθεται σε μια νέα αποστολή. Αυτήν τη φορά σκοπός του είναι να πιάσει έναν νίντζα ονόματι Mukade και ετοιμάζεται να πάει στα ιστορικά ερείπια “Ouran” για την αποστολή. Στόχος του Μukade είναι να ενεργοποιήσει ένα αδρανοποιημένο αρχαίο περίγλυφο που βρίσκεται στα ερείπια. Μόλις τo καταφέρνει, μια δέσμη φωτός στέλνει τον Naruto 20 χρόνια...

16 χρόνια πριν, ένας μυστήριος μασκοφόρος Nίντζα απελευθέρωσε ένα παντοδύναμο πλάσμα γνωστό ως ο Δαίμονας Αλεπού με τις Εννιά Ουρές, προκαλώντας την καταστροφή του χωριού αλλά και πολλούς θανάτους. Για την αντιμετώπισή του, ο αρχηγός των Nίντζα δυνάμεων της Konoha, ο Τέταρτος Hokage Minato Namikaze, και η σύζυγός του Kushina Uzumaki, η ζωντανή...