Ο Sonic, ο Knuckles και ο Tails ξανασυναντιούνται με έναν νέο ισχυρό αντίπαλο, τον Shadow, έναν μυστηριώδη κακοποιό με δυνάμεις που δεν έχουν αντιμετωπίσει ποτέ στο παρελθόν. Με τις ικανότητές τους να ξεπερνούν τις δικές τους, η ομάδα Sonic πρέπει να αναζητήσει μια απίθανη συμμαχία....