Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι "τρομοκράτες" δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας...

Η Κλέλια επιστρέφει από την Ρώμη στην πατρίδα της το Τορίνο, για να διευθύνει το νεοσυσταθέν υποκατάστημα του οίκου μόδας που εργάζεται. Το πρώτο ξημέρωμα στο ξενοδοχείο που διαμένει, βρίσκει στο διπλανό δωμάτιο, σε λιπόθυμη κατάσταση από υπερβολική λήψη χαπιών, μια άγνωστη κοπέλα, την Ροζέτα. Καταφέρνει να την σώσει, αρχίζει να συνδέεται μαζί...