Μια απελπισμένη ομάδα προσφύγων προσπαθεί να επαναποικίσει τη Γη 20.000 χρόνια μετά την κατάληψή της απ' τον Γκοτζίλα. Αλλά η μόνη επιθυμία ενός νεαρού είναι η εκδίκηση....

Η Nakamachi Asuka είναι 30 ετών και ελεύθερη. Πέτυχε το όνειρό της να εργαστεί ως δασκάλα διδάσκοντας σε λύκειο. Λόγω κρούσματος δεν μπορεί να συνεχίσει τη διδακτική της θέση. Ξαφνικά αρχίζει να εργάζεται σε έναν κοιτώνα όπου ζουν 7 μέλη μιας μη δημοφιλής παρέας αγοριών. Η δουλειά της είναι να κάνει σχεδόν τα πάντα για την ομάδα,...

Η απελπισμένη μάχη της ανθρωπότητας για να ανακτήσει τη Γη από τον Γκοτζίλα συνεχίζεται. Το κλειδί για να νικηθεί ο βασιλιάς των τεράτων μπορεί να είναι ο Mechagodzilla, ένα ρομποτικό όπλο που πιστεύεται ότι χάθηκε πριν από σχεδόν 20.000 χρόνια....

Μετά την ανακάλυψη του ταξιδιού στο χρόνο, ένας φοιτητής και οι συνάδελφοί του πρέπει να χρησιμοποιήσουν τις γνώσεις τους για να σταματήσουν μια σατανική οργάνωση και τα διαβολικά της σχέδια....

Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει γενετικούς δείκτες σε μια προσπάθεια να σταματήσει την ατέρμονη κατασκευή της πόλης και να σώσει την ανθρωπότητα....

Η ανθρωπότητα, και οι εξωγήινοί σύμμαχοί τους και ο Godzilla πλησιάζει στο τέλος τους, καθώς η ισχυρή καταστροφική οντότητα που ονομάζεται Ghidorah φτάνει στη Γη....

Είναι πλέον το έτος 2314 μ.Χ.. 2 χρόνια μετά την κατάργηση των Α-Νόμων και την ήττα των Innovator. Οι δυνάμεις του Setsuna ως Innovator έχουν ξυπνήσει, αλλά η έκθεση στον κόσμο για τα GN Σωματίδια έχει οδηγήσει πολλούς ανθρώπους μέσα στον κόσμο να εξελιχθούν σε Innovators....