Όλοι οι νίντζα Kekkei Genkai εξαφανίζονται. Μετά από διαταγή της Tsunade o Kakashi σκοπεύει να θυσιαστεί για να σταματήσει την καταστροφή. Ο Naruto προσπαθεί να τον αποτρέψει αλλά κανείς δεν μπορεί να το αλλάξει....
Όταν ο Saito, ένας συνηθισμένος έφηβος που ζει στην Ιαπωνία, μεταφέρεται ξαφνικά στο μαγικό βασίλειο της Halkeginia, γίνεται ο οικείος υπηρέτης της Louise, ενός νεαρού κοριτσιού που φοιτά σε μια ακαδημία για αριστοκράτες μάγους....
Αποφασισμένος να γίνει σαν τον πρωταγωνιστή του πρωταθλήματος βόλεϊ, ο Shouyou, ένα κοντό αγόρι με το παρατσούκλι "ο μικρός γίγαντας", μπαίνει στον σύλλογο βόλεϊ του σχολείου του....
O Naruto τίθεται σε μια νέα αποστολή. Αυτήν τη φορά σκοπός του είναι να πιάσει έναν νίντζα ονόματι Mukade και ετοιμάζεται να πάει στα ιστορικά ερείπια “Ouran” για την αποστολή. Στόχος του Μukade είναι να ενεργοποιήσει ένα αδρανοποιημένο αρχαίο περίγλυφο που βρίσκεται στα ερείπια. Μόλις τo καταφέρνει, μια δέσμη φωτός στέλνει τον Naruto 20 χρόνια...
