Η Hitomi Kanzaki αισθάνεται ολομόναχη, έχοντας χάσει τον σκοπό της ζωής της. Το μόνο που επιθυμεί είναι να εξαφανιστεί για να γλιτώσει από τη θλίψη της. Ο Άρχοντας Φόλκεν θα τη γλιτώσει και θα τη μεταφέρει σ’ έναν εναλλακτικό κόσμο, τη Γαία. Εκεί πιστεύουν πως είναι η “Φτερωτή Θεά” που ήρθε για να εκπληρώσει την προφητεία καθώς είναι η μοναδική...

Είναι πλέον το έτος 2314 μ.Χ.. 2 χρόνια μετά την κατάργηση των Α-Νόμων και την ήττα των Innovator. Οι δυνάμεις του Setsuna ως Innovator έχουν ξυπνήσει, αλλά η έκθεση στον κόσμο για τα GN Σωματίδια έχει οδηγήσει πολλούς ανθρώπους μέσα στον κόσμο να εξελιχθούν σε Innovators....