Μια απελπισμένη ομάδα προσφύγων προσπαθεί να επαναποικίσει τη Γη 20.000 χρόνια μετά την κατάληψή της απ' τον Γκοτζίλα. Αλλά η μόνη επιθυμία ενός νεαρού είναι η εκδίκηση....

Η απελπισμένη μάχη της ανθρωπότητας για να ανακτήσει τη Γη από τον Γκοτζίλα συνεχίζεται. Το κλειδί για να νικηθεί ο βασιλιάς των τεράτων μπορεί να είναι ο Mechagodzilla, ένα ρομποτικό όπλο που πιστεύεται ότι χάθηκε πριν από σχεδόν 20.000 χρόνια....

Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει γενετικούς δείκτες σε μια προσπάθεια να σταματήσει την ατέρμονη κατασκευή της πόλης και να σώσει την ανθρωπότητα....

Η ανθρωπότητα, και οι εξωγήινοί σύμμαχοί τους και ο Godzilla πλησιάζει στο τέλος τους, καθώς η ισχυρή καταστροφική οντότητα που ονομάζεται Ghidorah φτάνει στη Γη....