Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι "τρομοκράτες" δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας...

Μια νεαρή γυναίκα στρατιώτης η Ντιούναν και ο σύντροφός της,ο Μπριάρεος, μια ανθρωπομηχανή επιβιώνοντας μετά από τον αποκαλυπτικό παγκόσμιο πόλεμο της Νέας Υόρκη, αναζητούν τη μελλοντική ελπίδα του ανθρώπου, τη θρυλική πόλη του Ολύμπου....