Κυνηγώντας τον Μικρό Κεραυνό, ένα γρήγορο κι αδάμαστο άλογο, ο νεαρός Ινδιάνος Γιάκαρι απομακρύνεται από τη φυλή του, η οποία ετοιμάζεται επειγόντως να μεταναστεύσει. Με τη βοήθεια του Μεγάλου Αετού που τον προστατεύει από ψηλά, θα προσπαθήσει να βρει τον δύσκολο δρόμο της επιστροφής....

Μετά τις τρελές περιπέτειες της πρώτης ταινίας, οι κολλητοί πια φίλοι, Φίνι και Λέα, πλέουν στα ανοιχτά πάνω στην Κιβωτό του Νώε μαζί με τους γονείς τους και τα άλλα ζωάκια. Όμως, μετά από εβδομάδες χωρίς να φαίνεται πουθενά στεριά, οι προμήθειες έχουν αρχίσει να λιγοστεύουν, απειλώντας την εύθραυστη ειρήνη ανάμεσα στα σαρκοφάγα και τα φυτοφάγα...

Είναι το τέλος του κόσμου. Μια πλημμύρα έρχεται. Ευτυχώς για τον Dave και τον γιος του Finny, ένα ζευγάρι των αδέξια Nestrians, η Κιβωτός έχει κατασκευαστεί για να αποθηκεύσετε όλα τα ζώα....